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海关对废料已代征增值税，税务机关为何还要征税
进口环节海关代征税的意思是指由海关代行收取关税之外的进口经营者应缴纳的增值税。
增值税本应由国税局征收，但是在进口环节交由海关代行征收，从而保证了纳税人的应缴尽缴和国家对进口环节的增值税的应收尽收，并在进口经营者完税之后海关准予放行进口货物。
问：我单位是一来料加工企业，海关对我厂的废料已代征增值税，为什么税务机关还要对我厂废料进行征税？这是否属于重复征税？
答：海关对你厂征税是属针对进口环节征税，即对进口材料用于内销（包括作为废料销售）部份征收关税、代征增值税等。而税务机关是对你厂将废料销售给收购站部分征收，是针对销售环节征税的，这两者是有区别的，如果是一般纳税人，则海关代征增值税可抵扣税务机关征收的税款，你厂是小规模纳税人，海关代征增值税不能扣除。
海关代国内其他税务机关或有关管理部门对进口商品征收的税费。海关对进口商品除征收关税外，在被投放到国内市场前，还须代征法律规定的与国内商品相同的有关税费，当今世界各国无一例外。这是海关作为国家特殊税务管理机关职能的一个重要方面。
1991年，中国对进口商品由海关代征的税费有：船舶吨税、产品税、增值税、特别消费税，对外商和侨商所进口的货物则代征工商统一税、盐税和车辆购置附加费。
船舶吨税由交通部管理，由海关代征，税款入交通专项帐户，并直接用于海上干线公用航标的维护和建设。船舶吨税的征收对象包括往来中国港口的外籍船舶，外商租用的中国籍船舶,中外合营的海运企业使用的中、外国籍船舶以及中国租用(包括国外华商所有的和租用的)航行国外或兼营沿海贸易的外国籍船舶。船舶吨税按照船舶注册的净吨位征收定额税，净吨位越大，每吨位税额越高；反之，每吨位税额越低。纳税人于申请完税时自行选报30天期和3个月期两种缴纳期限。
海关对国内企业进口货物按条例的规定，分别代征产品税、增值税和盐税。但对每个进口商品只征收三种税的其中一种。征收增值税、产品税和盐税的规定不适用于外商投资企业。对在中国境内的外国企业、外商投资企业所进口的产品，海关代征工商统一税。
对进口车辆，由海关按照国务院1985年 4月发布的《车辆购置附加费征收办法》代征规定的车辆购置附加费。税后如有过户、改型等情况均不再续征，直至报废。进口车辆的车辆购置附加费一律按组成价格的15%计征。
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