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2016年12月25日十二届全国人大常委会第二十五次会议通过《中华人民共和国环境保护税法》，标志着环境保护税正式面世。该税将于2018年1月1日起施行，这为税务机关完善相应的征管配套措施预留了空间。当前税务机关需要下大功夫、花大力气，切实解决环境保护税如何征管的问题。具体说来，环境保护税的征收，有以下几个难点：
1、申报审核难。环境保护税法所指的应税污染物，包括《环境保护税税目税额表》《应税污染物和当量值表》规定的大气污染物、水污染物、固体废物和噪声。也就是说，征税对象不再表现为传统的资金流动或者类似土地、房产等稳定的实物，税务机关对现金、发票、实物以及账簿管理的监控手段失去了施展空间，这给税务机关申报审核带来了较大困难。
2、实时监控难。环境保护税法要求应税大气污染物和水污染物的计税依据按照污染物排放量折合的污染当量数确定，应税固体废物按照排放量确定，应税噪声按照超过国家规定标准的分贝数确定。仅靠环境保护部门传递的数据不足以保障税务机关实施税额确认权，在确认程序中如何审核纳税人申报的正确性和真实性?一旦发生纳税争议，环境保护部门承担何种责任也需要考虑。
3、外部依赖度大。信息共享是环境保护税实现有效征管的保障。从程序上而言，环境保护税应由纳税人自行申报，实现完全意义上的自报自核自缴，但纳税人自行申报的数据某种程度上就是环境保护部门核定的数据，这两者是重合的。
4、风险应对难度大。环境保护税所指向的污染物在生产过程中有时稍纵即逝，污染指标可能处于起伏不定的状态。即，可能某个时点污染超标，但此时已不超标。对纳税人开展违法调查，就必须实地取证，藉以证明纳税人的税收违法性。但限于污染排放的特点，如何固定证据，值得探讨。
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