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土地增值税清算能否扣除投资入股土地成本
《财政部、国家税务总局关于股权转让有关营业税问题的通知》(财税〔2002〕191号)第一条规定，以无形资产、不动产投资入股，参与接受投资方利润分配，共同承担投资风险的行为，不征收营业税。
根据上述规定，贵公司以土地投资入股到房地产企业，参与房地产企业利润分配，共同承担投资风险的行为，不征收营业税。贵公司土地投资到房地产时不属于从事经营活动，不需向房地产企业开具发票，应按土地作价出资额向房地产企业开具具备财务票据基本要素的收款收据。
《土地增值税暂行条例实施细则》第七条规定，条例第六条所列的计算增值额的扣除项目，具体为：
(一)取得土地使用权所支付的金额，是指纳税人为取得土地使用权所支付的地价款和按国家统一规定交纳的有关费用。
因此，房地产企业取得贵公司投入的土地，贵公司取得股权。该股权原则上不属于向贵公司支付地价款，不能扣除土地成本。
土地增值税地方规定供参考：
《山东省地方税务局关于明确投资人股土地征收土地增值税土地扣除项目金额问题的通知》(鲁地税函〔2004〕30号)规定，纳税人利用外单位投资入股的土地从事房地产开发的，由于其取得该宗土地使用权时并无支付任何金额，故在转让该宗土地开发建设的房地产计算土地增值税时，不得按照投资入股企业取得土地使用权时支付的金额或投资入股时土地的评估价值作为土地的扣除项目金额予以扣除。
《新疆维吾尔自治区地方税务局关于土地增值税若干政策问题的公告》(新疆维吾尔自治区地方税务局公告2014年第1号)第六条规定，关于以土地(房地产)投资入股进行投资或联营征收土地增值税的扣除问题。
房地产开发企业以接受投资方式取得的土地，并在该宗土地上从事房地产开发，在计算土地增值税时应以《财政部、国家税务总局关于土地增值税若干问题的通知》(财税〔2006〕 21号)规定的执行日期为界限，分以下两种情况确认扣除项目：
(一)2006年3月2日之前，以土地(房地产)作价入股进行投资或联营从事房地产开发的，被投资企业在土地增值税清算时，应以投资入股的账面价值作为其取得土地使用权所支付的金额据以扣除。
(二)2006年3月2日之后，以土地(房地产)作价入股进行投资或联营从事房地产开发，并按规定征收土地增值税的，以征税时确认的收入作为取得土地使用权所支付的金额据以扣除。
土地增值税清算能否扣除投资入股土地成本？房地产企业取得其他公司投入的土地，其他公司取得股权。该股权原则上不属于向其他公司支付地价款，不能扣除土地成本。
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