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工程回扣增值税如何处理？
首先，预留的回扣这个可以跟对方协商，看对方怎么接受会比较方便，再咨询一下你们公司的财务，一般会通过你们公司以现金或个人卡（私人账户）汇款的方式支付给对方；
其次，签合同就按包含回扣的总价做就可以，这种事你跟甲方关键人私底下谈好就行，回扣就摊在总工程设备款中就可以的；不必单列，合同中也不要涉及有关回扣的任何问题；
第三，开票按合同总额开（包含回扣），但一般在给予对方回扣的时候会扣除回扣部分开发票所需缴纳的相关税费，这个具体几个点可以咨询公司财务，每个公司的情况都不太一样。
商业折扣的会计处理：
纳税人采取折扣方式销售货物，如果销售额和折扣额在同一张发票上分别注明的，可按折扣后的销售额征收增值税。
借：应收帐款等 （折扣后的金额+销项税）
贷：主营业务收入 （折扣后的金额）
应交税金——应交增值税（销项税额）
如果将折扣额另开发票，不论其在财务上如何处理，均不得从销售额中减除折扣额。
借：应收帐款等
销售费用 （商业折扣）
贷：主营业务收入
应交税金——应交增值税（销项税额）
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