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子公司与分公司在税务处理上的区别
（一）子公司的处理
子公司是作为独立法人，实行独立核算并独立申报纳税，是完全独立的纳税人，承担全面的纳税义务。
（二）分公司的处理
分公司作为分支机构的一种，适用总分机构的相关政策。
总机构和分支机构应依法办理税务登记，接受所在地主管税务机关的监督和管理。
增值税方面
1、分公司（属于分支机构的组成部分，为便于与文件对接，以下统称分支机构）销售货物、提供加工修理修配劳务的增值税的纳税地点
根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第二十二条规定，固定业户应当向其机构所在地的主管税务机关申报纳税。总机构和分支机构不在同一县（市）的，应当分别向各自所在地的主管税务机关申报纳税。因此，分支机构的增值税一般情况下就地申报纳税。
但是，该条同时规定，经国务院财政、税务主管部门或者其授权的财政、税务机关批准，可以由总机构汇总向总机构所在地的主管税务机关申报纳税。
《财政部、国家税务总局关于固定业户总分支机构增值税汇总纳税有关政策的通知》（财税[2012]9号）对上述规定进一步明确：固定业户的总分支机构不在同一县（市），但在同一省（区、市）范围内的，经省（区、市）财政厅（局）、国家税务局审批同意，可以由总机构汇总向总机构所在地的主管税务机关申报缴纳增值税。省（区、市）财政厅（局）、国家税务局应将审批同意的结果，上报财政部、国家税务总局备案。
企业所得税方面
（1）根据《国家税务总局关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法〉的公告》(国家税务总局公告2012年第57号)（以下简称“税总2012年57号公告”）规定，居民企业在中国境内跨地区（指跨省、自治区、直辖市和计划单列市，下同）设立不具有法人资格分支机构的，该居民企业为跨地区经营汇总纳税企业（以下简称汇总纳税企业）。汇总纳税企业实行“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库”的企业所得税征收管理办法。
汇总纳税企业按照《企业所得税法》规定汇总计算的企业所得税，包括预缴税款和汇算清缴应缴应退税款，50%在各分支机构间分摊，各分支机构根据分摊税款就地办理缴库或退库；50%由总机构分摊缴纳，其中25%就地办理缴库或退库，25%就地全额缴入中央国库或退库。
（2）对于以总机构名义进行生产经营的非法人分支机构，无法提供汇总纳税企业分支机构所得税分配表，也无法提供“税总2012年57号公告”第二十三条规定的相关证据证明其二级及以下分支机构身份的，应视同独立纳税人计算并就地缴纳企业所得税。
子公司与分公司的纳税区别
子公司必须独立核算，独立申报纳税。?分公司不是独立法人，可以不独立核算，所得税可以在总公司合并汇算清缴。
1、企业所得税的规定子公司应当单独计算应纳税额，在注册地缴纳税款，并适用按月(或季)预缴、年底汇算清缴的规定。设立为分公司后，在企业所得税的征管上执行跨地区汇总缴纳企业所得税的规定。相关的企业所得税审批、备案事项，子公司自行收集整理资料，向当地所得税主管税务机关申请。分公司应由总机构收集整理资料，并向总机构所在地所得税主管税务机关申请。
2、其他税种的影响增值税上，根据《增值税暂行条例》的规定：固定业户应当向其机构所在地的主管税务机关申报纳税;总机构和分支机构不在同一县(市)的，应当分别向各自所在地的主管税务机关申报纳税。因此，无论设立成子公司还是分公司，都需在机构所在地缴纳增值税。
子公司与分公司在税务处理上的区别的内容如上，从概念上分析，二者不是指一个实务，从税务分析那就更是差别大大，以上仅是从增值税和企业所得税来分析，你也可以看看相关的税务政策。
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