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环保税不仅是“费改税”的重要举措，对于促进环境保护亦有积极意义。从学术意义上来讲，环保税应称为环境税，这一概念最早出自福利经济学的创始人庇古，在上世纪70年代作为环境保护政策和经济政策的结合体，逐渐成为发达国家的主流选择。目前，大多数发达国家都建立起了较为完整的环境税制度，能源税、交通税、资源税及消费税等均在其列。环境税的意义，就是通过提高污染物的排放成本来降低污染物排放量，同时亦有利于推动节能环保技术的研发推广，是被学界普遍认为比排污费更能稳定发挥环保功效的一种方式。
环保税本身当然是一种经过了考验的较为有效的环境保护方式与经济手段，然而，需要注意的是，中国无论是在财税制度还是环境容量上，都有着不同的特质或与发达国家处于不同的阶段，他山之石何以攻玉，是必须细致研究的问题。
首先，我国处于环境污染较为严重的阶段，雾霾、水污染和在大城市中一直被忽略的噪声污染都有不同程度的恶化。于是，征收了30多年的排污费是一种惩罚性收费，那么，费改税后的环保税是否也是惩罚性质的呢?可是，环保税本身应该是调节性质的，所以欧洲很多发达国家的环境税都是在环境改善之后有了充足的环境容量才开始发展，用税收作为一种调节。在环境恶化的当下征收环保税，由于环境容量不大，没什么空间进行调节，即使初衷是调节行为依然可能变为变相惩罚。尤其是当前财政紧绌，非常容易产生征税冲动，而按照“税负平移”原则，草案规定将现行排污费收费标准作为环境保护税的税收下限，也就是说，税额不会低于现行排污费，专家称理论上每年可征收500多亿元。如果将环保税看作一种增收手段，是非常危险的，在当前的形势下，企业很有可能承担极大的负担甚至遭遇“过头税”，在未产生提升环保技术研发的动力之前就先被拖垮，这对于经济与环保都不是好事。值得欣喜的是，此次调整税额的权力给了地方立法机关即地方人大而非地方政府，希望税收法定原则能得到贯彻并为约束超征冲动起到一点作用。
其次，环保税要发挥作用，就要求通过科学化的手段来评估企业并引导企业行为，而环保税采用申报制度，这对环保部门的污染物排放核定和监测水平提出了更高的要求。以往即使在排污费由环保部门收取的时候，执行中很多都是按物料和能耗来折算的，环保税立法后，由税务机关征收，环保部门监管，环保部门的动力和经费是一大挑战。而根据税务部门的征收习惯，基层一向存在很大的自由裁量空间，会不会产生“议价”并变相地污染合法化，是必须面临的问题。如何避免“交税=鼓励合法排污”，需要对税收标准进行严谨的设定，并且配以惩罚问责、其他补贴、征收环节监管等配套措施。
从征收环保税开始，中国也踏入了国际上这股“绿色税收”的风潮。目前，只是将排污费平移转为税收，日后还有生态资源税和争议颇多的碳税等更大的挑战。如何从一开始就确保环保税不像分税制一样异化，保证其调节性作用而不沦为增收手段，都需要更细致的研究，这对于经济发展与社会发展都极为重要。
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