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有观点认为，“三方协议”也属于“取得了索取销售款项的凭据”的一种形式。
这个逻辑很简单，增值税条例十九条对于增值税纳税义务发生时间的规定，“销售货物或者应税劳务，为收讫销售款项或者取得索取销售款项凭据的当天”；营改增财税〔2013〕106号文件规定，“取得索取销售款项凭据的当天，是指书面合同确定的付款日期；未签订书面合同或者书面合同未确定付款日期的，为应税服务完成的当天。”
所以，逻辑就出来了：
签订三方协议——书面合同确定付款——取得索取销售款项凭据——不认定为虚开——下游可以抵扣
这种推理显然是不正确的，首先39号文件的前提是“纳税人通过虚增增值税进项税额偷逃税款”；其次，“三方协议”的不允许抵扣，指的是发票开具方与收取款项方不一致的情况，并不能因为所谓的“取得索取销售款项凭据”就将此限制忽略，也就是说，即使不考虑39号文件的前提，即使“取得索取销售款项凭据”，仍然需要考虑发票开具方与收取款项方不一致的情况。
总而言之，笔者认为这是对于39号文第二条规定扩大化的理解，其中的“取得了索取销售款项的凭据”没有任何含义指向了三方协议的情况。
当然，这里需要解释一下，“索取销售款项凭据”并不单指合同，比如，甲公司销售货物给乙公司，合同规定验货后3日内付款，这里的“索取销售款项凭据”还包括乙公司的验货证明、提货单等单据。
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