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代扣代缴手续费是否交增值税
代扣个税取得返还手续费是否要交增值税目前尚无明文规定，但实际操作过程中企业有被追缴税款及滞纳金风险。
根据《中华人民共和国税收征收管理法》和《财政部国家税务总局中国人民银行关于进一步加强代扣代收代征税款手续费管理的通知》的规定，负有代扣代缴个人所得税义务的纳税人，按照有关规定取得的代扣代缴个人所得税手续费，不缴纳增值税。
可见，手续费是否征税，税务局机关的意见并不统一，支持征税的主要依据是依照《营业税改征增值税试点实施办法(财税[2016]36号)中营改增政策的相关规定作出的。
代扣代缴税金手续费如何申请返还?
财行[2005]365号 三代的管理规定：税务机关应对负有代扣代缴、代收代缴义务的扣缴义务人办理扣缴税款登记，核发扣缴税款登记证件。
第六条手续费支付管理规定：
(一)税务机关应按照本通知规定的比例支付三代税款手续费。
(三)税务机关应在三代单位和个人申报并结报票款后，按有关规定支付三代税款手续费。对不能及时支付的，应予说明，并在一个季度内结清，最长不得超过6个月。
(六)三代单位所取得的手续费收入应该单独核算，计入本单位收入，用于三代管理支出，也可以适当奖励相关工作人员。
因而，从上述规定可以看出，对于扣缴义务人申请手续费确需向实际所代扣代缴的税款所缴纳的税务机关进行申请。
是否缴纳增值税？
是否缴纳增值税的关键在于判断企业的代扣代缴行为是否是一种服务。这里明显出现两种截然不同的观点：
观点一：企业代扣代缴税款行为属于增值税中的"商务辅助服务-经纪代理服务"，因此必须按照6%的税率或者3%的征收率缴纳增值税。
按照这个观点，对应的会计处理就应该计入其他业务收入，正常交纳增值税。
观点二：企业代扣代缴税款行为并非正常的商业行为，而是税法所规定的强制义务，因此不能归属于增值税应税行为，自然也不需要交纳增值税。
按照这个观点，对应的会计处理就应该计入营业外收入，无需交纳增值税。
1、国税总局的态度似乎是倾向于第一种观点
有两个文件为证：
《国家税务总局关于代扣代缴储蓄存款利息所得个人所得税手续费收入征免税问题的通知》（国税发[2001]31号）文件：根据《国务院对储蓄存款利息所得征收个人所得税的实施办法》的法规，储蓄机构代扣代缴利息税，可按所扣税款时2%取得手续费。对储蓄机构取得的手续费收入，应分别按照《中华人民共和国营业税暂行条例》和《中华人民共和国企业所得税暂行条例》的有关法规征收营业税和企业所得税。
《国家税务总局关于做好中国石油化工集团公司税收风险管理后续工作的通知》（税总发[2013]100号）文件：代收代缴或代扣代缴个人所得税、消费税、预提所得税手续费收入应征收营业税。
虽然是营业税的规定，其实是明确了一个态度，代扣代缴行为也算是提供了一种服务，既然是服务，就要按照服务行为缴税，区别只在于以前是营业税，现在是增值税而已。
2、各地税务机关理解各异
目前持第一种观点认为应当缴纳增值税的有内蒙古、河南、福建、深圳国税；支持第二种观点认为不应当缴纳增值税的有湖北、海南等。
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