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《国家税务总局关于在境外提供建筑服务等有关问题的公告》（国家税务总局公告2016年第69号）规定，纳税人提供建筑服务，被工程发包方从应支付的工程款中扣押的质押金、保证金，未开具发票的，以纳税人实际收到质押金、保证金的当天为纳税义务发生时间。因此，企业应根据国税发〔2009〕31号文件第三十二条规定，出包工程未最终办理结算而未取得全额发票的，在证明资料充分的前提下，其发票不足金额可以预提，但最高不得超过合同总金额的10％。另外，建筑企业未收到质押金、保证金可以不开具发票。假设工程款除质押金、保证金外均已取得发票，若质押金、保证金比率高于10%，则超过部分未取得发票仍不能扣除。反之，质押金、保证金比率低于10%，则未取得发票仍可以税前扣除。
土地增值税处理则有不同。根据《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发〔2006〕187号）规定，房地产开发企业的预提费用，除另有规定外，不得扣除。《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》（国税函〔2010〕220号）规定，房地产开发企业在工程竣工验收后，根据合同约定，扣留建筑安装施工企业一定比例的工程款，作为开发项目的质量保证金，在计算土地增值税时，建筑安装施工企业就质量保证金对房地产开发企业开具发票的，按发票所载金额予以扣除。未开具发票的，扣留的质保金不得计算扣除。
营改增后，建筑服务发票开具地点由项目所在地调整为其机构所在地，房地产开发企业取得建筑服务发票是否规范仍存在税务风险。根据《国家税务总局关于营改增后土地增值税若干征管规定的公告》（国家税务总局公告2016年第70号）规定，营改增后，土地增值税纳税人接受建筑安装服务取得的增值税发票，应按照《国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点有关税收征收管理事项的公告》（国家税务总局公告2016年第23号）规定，在发票的备注栏注明建筑服务发生地县（市、区）名称及项目名称，否则不得计入土地增值税扣除项目金额。
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